因為日本的“細菌珍珠港計劃”是絕對的秘密，一旦失敗，所有掌握核心秘密的人都得死。所以河野夫和自己的屬下，必須切腹自殺為大日本帝國殉葬!

川島(呂一丁 飾)趕過來時，河野夫托付川島要把自己的遺體運回大日本帝國，川島心情沉重的答應了。

包括河野夫在內的所有核心成員都剖腹自殺了。

就在石原也準備自殺時，他的老師德川趕到了，阻止了石原，他告訴石原，他們的使命還沒有完成，他不能死。

川島開始指揮士兵埋設炸藥，他要把這個罪惡的細菌基地炸毀，目的是消滅證據。而劉大鵬(劉小鋒 飾)和李夢云(陳紫函 飾)她們要爭分奪秒趕在川島動手處死在押犯人之前，救出江嫂(蘇麗 飾)和伊萬諾夫。

美智子(韓燁 飾)來到細菌基地瘋狂的到處尋找自己的父親。

經過艱苦的努力，劉大鵬他們終于把江嫂他們成功的救了出來，看著細菌基地火光沖天，爆炸聲四起，劉大鵬李夢云以及江嫂他們都感慨萬千，這個魔窟，曾經害了多少中國人，給中國帶來了多么深重的災難。

因為石原是直接負責病毒研究的科學家，所以對石原的下落上級極為重視，善后清理時，因為尸體都被火燒過，損毀嚴重，李夢云只能通過石原的物品，證件來間接判斷，石原已經自殺。

雪城解放了，中共雪城委員會正式成立，李夢云任委員會主任。

劉大鵬帶著李夢云祭拜了父親李天昊和小野(邵汶 飾)，告訴他們勝利的消息，以告慰他們的在天之靈!

劉大鵬也帶著弟兄們通過了考驗順利的加入了共產黨，成了一名光榮的中共戰士。

而此時，國民黨為了打贏內戰，也正在積極地招兵買馬。

其實石原也并沒有死，在德川的安排下，石原已經逃離了細菌基地隱藏起來，他告訴德川，自己對今天的這個結局早有準備。他手里還有最后的一招也是最厲害的一招，更厲害的新型生化武器，現在只要找出他被事先注射了特殊病菌的三個“馬盧達”他的計劃就可以順利啟動。

李夢云發現，雪城的傷寒病人突然大量增加，李夢云趕緊打電話向上級聯系疫苗控制疫情!

隨后，押運疫苗回來的李夢云被一伙身份不明的蒙面人打劫，好在劉大鵬及時趕到，才沒有發生嚴重的后果。但，他們很奇怪，是誰要這么做，目的是什么!