一日，致力于研究化學X神秘物質(zhì)的ユートニウム博士跟助手同時也是他兒子肯發(fā)現(xiàn)了一種新物質(zhì)Z。這種物質(zhì)發(fā)射出一道白光跟一道黑光，在東京城中放出。　　這道白光打到了初中一年級生赤堤ももこ、豪徳寺みやこ、松原かおる這3個女孩身上，于是，3個飛天小女警誕生了！！　　與此同時，那道黑光打到了東京動物園里。一座猴子山上的猴子變成了飛天小女警們的宿敵。小女警們將怎樣保衛(wèi)這座城市呢？……

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