雨果和父親大山生活在一個普通的小村莊里，但她卻去過一個不為人知的神奇之地，那里就是神秘世界。傳說，是神創造了這個神奇的世界，每年會有99只動物被選到這里，并成為族民，族長是一只奇怪的動物，它叫啦啦，是雨果最好的朋友。雨果自從記事后，就沒有見過自己的媽媽。大山告訴雨果，媽媽常年在外進行科考工作。雨果非常想念媽媽，經常給她寫信。一天，雨果突然發現，她寫給媽媽的信并沒有寄走，而是被大山藏了起來。雨果追問媽媽的下落，大山不得已說出了埋藏在心底多年的真相。原來，雨果的媽媽也曾經發現過神秘世界。為了尋找媽媽的下落，雨果和大山再次前往神秘世界。雨果與神秘世界中的好朋友們再次重逢，族長啦啦的法術進步神速，熊大叔暗戀上了功夫與美貌并存的原住民首領蘭。好朋友們正沉浸在重逢的喜悅中，一只瘋瘋癲癲的企鵝出現，它說神秘世界即將毀滅，因為有一只惡龍闖入了神的領地......

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