某個黑夜，一名間諜潛入日本警察機關企圖盜取一份機密文件，這份文件內容中含有英國“MI6”、德國“BDN”、美國“CIA”，甚至還有“FBI”等各國諜報機構的相關人員名單。千鈞一發之際，安室透率領的日本公安趕到，間諜奪車逃跑，高速公路大橋上上演激烈追逐戰，其他的車輛也被卷入其中，眼看要釀成慘重事故的瞬間，間諜的車被FBI赤井秀一用來復槍射中，從大橋墜入海中。第二天，柯南等人來到東都水族館游玩，他們在巨大摩天輪底下，發現了一位獨自一人又負傷的漂亮女子，仔細一看她的兩只眼睛的瞳孔顏色不一樣，也就是俗稱的“陰陽眼”。可是，這位女子已經是連自己名字都不記得的失憶狀態，帶的手機也已經損壞。為了幫助她找回記憶，柯南等人約好了和她同行。沒想到，這一切都被貝爾摩德暗中監視著……

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